[2023] protein data bank 분석

[2023] protein data bank 분석 Certificate

Class Introduction

강의 소개 및 개요입니다.

성명

홍승환

소속기관

한국제약바이오협회

과목명

protein data bank 분석

강의시간

학습목표

(1) Protein Data Bank로부터 pdb 단백질 3D 구조 파일을 얻고, pdb 파일을 파싱하는 방법에 대해 설명한다.

(2) pdb 구조로부터 단백질-리간드 상호작용을 분석한다.

(3) 단백질 데이터베이스 Uniprot에서 제공하는 정보에 대해 설명하고, 신약개발에 활용하는 방법을 알아본다.

강의 선수과목 및 준비사항입니다.

선수과목	단백질 구조 결정학, 단백질 구조기반 신약설계
참고자료	도서, 웹사이트, 논문 등
준비사항	linux (windows WSL), Python, Anaconda

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Course Introduction

protein data bank 분석 강의 과정입니다.

Protein Data Bank (PDB) 에 대해 소개한다.

pdb 단백질 구조 파일 포맷을 설명한다.

pymol을 사용하여 단백질 구조를 확인한다.

pdb 단백질 구조 파일 실습

1. pdb to sequence

2. pdb to distance map

3. protein-ligand 파일 분리

Uniprot에 대해 소개한다.

protein bioinformatics (PBI) toolkit을 이용하여 pdb 구조를 전처리하고 단백질-리간드 상호작용을 분석한다

Classification

Professor