목차

(강의시간)

강의내용

실습여부

교수자

1

단일세포 RNA-seq 데이터의 구성, AnnData 포맷과 SCANPY 소개

O

윤석현

2

SCANPY를 이용한 셀 및 유전자 필터링 실습

O

윤석현

3

SCODA 파이프라인과 이를 이용한 연구사례 소개 및 기초 실습

O

윤석현

4

단일세포 RNA-seq 데이터를 이용한 연구사례 1 (유방암 종양 미세환경 연구) 실습: (1) 세포유형 식별

O

윤석현

5

단일세포 RNA-seq 데이터를 이용한 연구사례 1 (유방암 종양 미세환경 연구) 실습: (2) CNV 추정, 암세포 식별, 및 세포간 상호작용 분석

O

윤석현

6

단일세포 RNA-seq 데이터를 이용한 연구사례 1 (유방암 종양 미세환경 연구) 실습: (3) DEG 분석, 마커/표적 발굴 및 유전자집합 분석

O

윤석현

7

단일세포 RNA-seq 데이터를 이용한 연구사례 2 (궤양성 대장염 데이터 분석 및 치료표적 발굴) 실습, KEGG pathview 생성 및 확인

O

윤석현

선수과목

파이썬 프로그래밍 기초, 단일세포 전사체 분석법

참고자료

D. Hong, H. Kim, W. Yang, C. Yoon, M. Kim, CS Yang and S. Yoon, “Integrative analysis of single-cell RNA-seq and gut microbiome metabarcoding data elucidates macrophage dysfunction in mice with DSS-induced ulcerative colitis,” Communications Biology, June 2024. https://doi.org/10.1038/s42003-024-06409-w

M. Kim, W. Yang, D. Hong, HS Won, S. Yoon, “A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets,” Cancers, Mar. 2024. https://doi.org/10.3390/cancers16061173

준비사항

웹브라우저(Chrome)가 설치된 개인 컴퓨터, Google Colab을 사용하기 위한 구글 계정